，这个部门也就失去存在的价值了，因此也是可以看做是对周世奇的安慰，虽然他辞去了内阁首辅，但仍然还是在行政的核心部门里工作，并没有失去商毅的信任。
不过尽管如此，但这一来周家的权势仍然下降了近半，而南京政府的内部，又形成了新的平衡局面。
机构调整完毕之后，商毅又连继下达了两道命令，一是由李格非全权付责，和英国东印度公司进行谈判，签定双方的商务协议。第二条是在南京政府内部进行一次整顿行动，对各级官员进行思想教肓，以上一次周元舟、刘原引等四起案件为教训，加强自身的警觉性，抵制不良作气的诱引。同时也对所有官员的能力、业绩进行一次调查，更换一批不合格的官员。提拔有能力、干实事的官员。