治下的所有汉族百姓皆从满俗，易服剃发，从而也引发了清廷下达剃发令，而孙之獬也因此得到了清廷的赏识，一度官运亨通，出任都察院右副都御史兼兵部尚书，招抚江西提督军务。但商毅收复南京之后，清廷在江南的官员纷纷北逃，孙之獬到也机灵，当然也在其列。但逃回了北京之后，清廷的汉官也都恨其无耻，因此借机纷纷弹亥孙之獬弃职之罪，结果清廷将孙之獬革职，只好回到老家安居。
在起义军围攻淄川县的时候，淄川知县刘修己认为孙之獬做过兵部尚书，又招抚过江西，有军事才能，又经过实战锻炼，于是邀请孙之獬帮助自己守城。
而被清廷罢职之后，孙之獬一直都不甘心，盼着能够有机会再被清廷启用，而在他看来，农民起义军不过是一批乌合之众，而且淄川离济南不足三百里，最多五六日，淸廷的援军就可以赶到，因此正是一个向清廷表示自己忠心的大好机会。于是不仅应刘修己所请，招集家人，帮助清军守城，而且还倾尽家财，设立重奖守城的清兵，满以为可以守住淄川，等着援军来到。
那知在谢迁率领起义军进攻到淄川县城的时候，城里的百姓自发组织暴乱，打开城门，放起义军入城，孙之獬听到城破之后，退入自己的住宅。穿上官服，向北