开始攻城之后，炮兵和火铳手也都停止了开火。这一来守城的清兵却可以据城防守，和攻城的郑军展开激战。
虽然这时郑军都己经接近到城垛口附近，但清军毕竟占据了城头，因此在短时间内，还无法攻开南门。而郑成军也知道其他三门己攻开，急于攻破南门，在城下不住的催战。一时之间战事僵持不下。
不过这时兖州的东、西、北三门都被攻开，消息传到了南门之后，守卫南门的清军顿时军心大动，也在无心守城了，纷纷败退。而郑军趁机向城头发动猛攻，终于登上了城头，打开城门，郑成功立刻率领大军，杀入城內。虽然比其他几个门要晚了差不多一个小时，但兖州城的四门，全部都被攻开了。