兖州三府都是才刚刚收复，还需要一定的时间来稳定，并建立南京政府的行政机构。另外兖州城中进行了激烈的战斗，对城市建筑都有相当向破坏，而济南虽然没有发生战争，但清军撤退的时候，将城里的粮食几乎全都搜刮一空。这时城里己经断粮了，因此这两地都需要一定时间的恢复。现在周少桓己经下令，从青州调集一批粮食过来，缓解济南的粮荒。
还有一个十分重要的事情，就是处理山东起义军的问题，这次能够攻占山东，农民起义和原明将领的反正也起了不小的作用，没有他们的配合和牵制，中华军也未必能够这么轻易就取得胜利。
但在战事暂时告一段落之后，如果处理这些人，也是一个很大的问题，周少桓也是经历过明末的农民军大规模起义的时代。深知农民起义是一把双仞剑，即能危险清廷，也可以危害到中华军自身。
因为现在山东地区的农民起义军，反正军队加起来也有六七万之众。其中也不乏社会油子、地痞无赖、无业游民等人，绝大多数都没有经过什么正规训练，缺乏组织纪律性，也没有什么军纪和服从命令的观念，而且又以响应中华军抗清的功臣自居，尽管周少桓对这些队伍也三令五申，一再强调尊守军纪，不许搔扰百姓，但在初期欺压良善