兰军杀得大败，伤亡二百多名士兵，上尉贝德尔也死于混战之中。另一位上尉阿尔多普带领着残兵，败回了热兰遮城。而中华军乘势占领了城外的炮台。
新旧两位台湾大员长官费尔勃格、欧沃德也只好下令，全力守卫两城，等待援军。这时荷兰在台湾共有兵力一千四百多人，另外还有五百多土著兵，而荷兰士兵的家属等也有一千多人，土著家属有一千五百多人，费尔勃格命令将所有士兵和土著的家属都迁移到热兰遮城里居住，又命上尉瓦连京带领四百荷兰士兵，二百土著守卫赤嵌城，其余士兵守卫热兰遮城。
驻守台湾的中华军早就开始围攻这两座城堡，但由于缺少重型火炮，因为围困两城达一个半月，但都无法攻破。第三分舰队回来之后，本打算从船上撤一些舰炮下来攻城，但就在这时，十七军和第四分舰队也己经到达了台湾。