、江西的统治都不稳定，而现在湖南、江西己经成为中华军稳固的大后方，广东、广西虽然才刚刚占领，但也基本恢了秩序，加上南京政府的财力，物资充足，比另一时的清军要强得多。还有一点就是商毅早早下手，把李定国给挖走了，在另一时空里，李定国在南明后期的作用举足重轻，大西军出川之后，取得的辉煌战绩中，有一大半都是李定国的功劳，而现在李定国已经是中华军的一员大将了。
基于这些因素的考虑，商毅认为大西军并不足为虑，对中华军的危胁甚致还不如吴三桂的川军。一来吴三桂也算是这个时代少有的名将，而且川军以当初的关宁军为基础组建，本来的战斗力就不在清军之下，现在又装配了大量的火枪火炮，有朝着近代军队模式发展的区势，另外四川地势险要，易守难攻。物产丰富，也能为吴三桂提供足够的后勤支援保障。
因此在商毅看来，这个被自己的蝴蝶效应造成的军事力量，才是目前自己最大的敌人。而在南方的第二阶段战役，商毅的计划方略是先打四川，再收云南。
虽然这个方略并不苻合商毅一贯主张的先打弱小之敌，后打强大之敌的作战原则，但打仗最忌违的就是死搬硬套，纸上谈兵。正所谓是兵随势变，任何作战原则，战术思想