前，帝国的首都定在那里。虽然在收复南京之后，商毅就把自己的行政中心从杭州迁到了南京，算起来也差不多有四五年的时间了，现在南京不仅又恢复了惜日的繁华，还更胜从前。而且透露出一种兴兴向上的气氛。因此有不少人都认为，帝国应该把南京做为首都，正式确定下来，
因为帝国建立之动，就是以大力发展工商业、全面开通海外贸易，开海通国为基本国策，而商毅又主张走向海洋，全面参与全球的大航海贸易。而无论是工商业还是航海业，南方都要比北方发达，因此将帝国的首都定在南京，当然也方便执行这些基本国策。北京并非不重要，但与南京相比还是要差一些，可以校仿明朝的两京制度，以南京为首都，北京为陪都。
而另一批官员则正好相反，因为从元代以来，北京就是中国的首都，前后长达近四百年，其间只有朱元璋短暂的在南京建过都，因此中国的重心其实是在北方而不是南方，另外现在全国虽然己经统一了，但还有蒙古、青海、新疆等地都没有收回来，都有可能危胁到帝国的边境，而这些地方基本都集中在北方，相对来说，南方面临的外部危胁并不大，如果以北京为都，对些地方的控制和管理要便利一些。因此还是仍然应该以北京为首都，南京为陪都较好。