由皇帝直接掌握最后一个势力，其实并不是一个部门, 而是一支军队, 也就是皇城禁卫军团。
现在禁卫军团的编制是二个步兵师、一个步兵旅、一个骑兵旅和一个特种兵团，共计兵力在三万五千人左右，在装配上，全部都换上了线膛枪和线膛迫击炮等最新的武器。其中有一个步兵旅，现在留守在北京。其余全部都驻守在南京，全部都驻扎在南京城里。
在名议上，这支军团是属于南京军区管辖，但将领的任命、罢免，都是由皇帝决定，而且这支部队的士兵都是从各军区抽调的精锐士兵，不仅专业技能过硬，而且在政治上也绝对可靠，任务除了保护皇城安全之外，还担任皇帝或皇室成员的护卫，仪仗等等任务。当然在必要的时候，还可以上战场。
如果真的有人想要图谋反判的话，就凭着这支军队，商毅也就可以在短时间内控制南京城里的局势，发动一场全面的政变。因此这也是商毅手里掌握的最为重要的一张王牌。
当然商毅设立这三个机构的目地，并不是说要加强皇权，全面控制国家，如果是那样的目地，也就不用费心去搞什么三权分立了，只要沿用明朝的制度，就可以确保国家权力永远掌握在皇帝的手里，因此主要还是防止出现紧急情