周少桓上任之后，帝国国家机构的最后一块拼图，军事系统也开始了重新组建。不过现在帝国的八大军区，两大舰队都已经组建完毕，因此这一次进行改组的，主要是帝国中央的军事机构，也就是帝国最高的军事系统。
按照商毅的构想，帝国中央的军事机构将分成两个部份：国防部和统战部。国防部的职能是统一管理全国武装力量的建设工作，军队的征集、编制、装备、调动，军事技术的科研开发，军人衔级评定、薪俸制度，军工工厂、军事基地、军事教育机构的建设，并配合皇帝、內阁参与国家重大方针决策的制定，以及对外军事交往活动。但并不负责统帅和指挥全国武装力量的职责。
而统战部的任务正是国防部没有的，主要的职责是：负责统帅和指挥全国武装力量，平时进行的训练和各种模拟战争的军事演习任务，在发生战争的时候，制定作战计划，以及协调解决各军种间的冲突、衔接、配合等工作。并且向皇帝、内阁的战争决议，提供各种参考依据。
简单的说，国防部是付责军队的曰常政务工作，而统战部就是为战争准备，平时是作为一个国家的参谋部，而在战争时期，就成为全国的作战挥中心。当然在行政级别上，国防部比统战部高，可以参加内