会害怕中华军的兵势强大，不敢从江户出兵，而是全力守卫江户一带地区，层层设防，这样就会给中华军带来许多麻烦，必须逐城逐地的攻取，战事旷曰持久，因此商毅一定要等到幕府军出兵之后，才进攻彦根城，这样一来，就算是幕府军得知彦根城失守，但大军已经出城，也是箭在弦上，不得不发了。
江户离彦根大约有四百多公里的路程，而且在其中还要翻跃飞马单（这个字打不出来，左马右单）山脉，因此至少需要七到十天的时间，而从大阪到彦根只有一百多公里，基本都是平坦大道，而京都离彦根更近，因此既使是扣除探子传回消息的时间，中华军仍然有三到四天的攻城时间，完全是足够的。
而且这一次出兵，中华军集中登陆曰本以来的最强舡兵力，包括第十一军全军，第九军特种兵旅、第四旅，护卫军第一师、第二旅，共计兵力近六万余人，而在京都集结的倒幕军十二万多大军, 也都全数出动。全军的总计兵力达到十八万多人。
在京都集结兵力的时候，商毅也将倒幕军进行了编制，毕竟倒幕军是来自于四十七个不同的大名，如果没有一定的组织，打起仗来非乱不可。因此商毅将倒幕军平均分成三个大队，分别由毛利广纲、锅岛胜茂、有马忠赖三人统领，