商毅下旨，明确表示乡试的结果是不会改变，而且科举制度也不会改变。因此也进一步引发了北方各地学者的不满。
当然他们现在还不敢公然反对帝国，只能祭出了最后一招，联合进京请愿，向朝廷上联名万言书，而上书的內容除了科举之外，还包括针对帝国的其他制度。当然这也是因为建国之后，商毅对思想言论放得比较松，如果是在清廷当政，那怕是朱重八在位的时候，也都是肯定不敢的。
但不管怎么样，事情总是发生了，因此在接报之后，商毅也下令，停下其他的公务，首先来讨论对这一次请愿的事情怎样处理。经过了內阁众官员简单的讨论之后，众官员们决定，现在不要激化矛盾，首先收下上言书，看一看写的是什么内容，然后再做决定，而对请愿的学者学子们，暂时以安抚为主，可以给他们安排住宿，一来是表示政府的怀柔，二来也是更于管理，免得弄出大乱孑来。
商毅对此到也没有异议，因为这种上京请愿的行为，在历朝历代都有，其实是中国古代民间向朝廷表示自己声音的一种形式，无论这一次请愿的內容是什么，但这种形式是不能禁止的。因此商毅只是要求，一定要让请愿者保持秩序，不许借机对南京的日常生活造成破坏，影响秩序。而请愿者的