剑雨的故事发生在大明洪武十八年，也就是公元1385年。
整个故事建立在一具干尸的基础上。
干尸名为摩罗遗体，是八百年前由天竺东渡而来的僧人所留，因为摩罗生前练有绝世武功，所以在他死后，相传只要能找到他的遗体，就可以学会他生前天下无敌的武学。
杀手细雨效命于黑石——这是一个隐藏在朝野内部的暗杀组织，暗中掌控天下，取自“黑暗基石”之意——在一次针对当朝太师张海瑞的暗杀行动中，细雨带着张海瑞收藏的半具摩罗遗体远遁而去。
经过一番“大彻大悟”之后，改换容颜的细雨带着八十万两白银，回到南京城隐居，同时将到手的摩罗遗体藏在城外云何寺后方的坟冢内。
可她做梦也没想到，当初亲手所杀的太师张海瑞之子张人凤，因为心脏长在右边的关系，竟然没有死，而是同样还换面孔，躲藏在南京城里。
这也就罢了，毕竟细雨想的是隐姓埋名，不再牵涉到江湖恩怨，而张人凤的目的是摧毁黑石这个组织，但命运却让两人结为了夫妻……
之后的一地鸡毛，也就成了可以预期的事了。
总体上来说，这就是一个架空历史下的江湖仇杀故事，格