千年的杀手组织，自诞生之初便借‘天意’，暗杀了一个又一个的嗜杀成性的恶人、残忍的军阀、暴君与邪恶统治者，原本一直都是个正义感十足的以维护和平跟国家统一为目的的组织，只不过自古以来为了保密，这一真相一直都只有组织的领导者才知道。
但‘教授’却在二十年多前接管了‘墨者’的之后，开始利用其为自己服务，在继续暗杀毒贩、不法者的同时，也为了金钱跟权势残害了不少无辜的生命。而杨林的父亲正是在无意中发现了他的秘密，才选择了退出‘墨者’并开始与教授产生冲突，最终被教授借他之手除掉。
得知了这一真相并且从老人口中知道了他的父亲希望他能作为一个普通人而平凡的活下去，并不希望他为自己报仇或者去跟教授死拼。但心中的正义感以及对自己间接害死了父亲的悔恨，还是令杨林做出了自己的选择，待身体复原之后，准备十足的他便单枪匹马地杀到了‘墨者’的老巢……
电影顿时进入了最高潮的一幕，杨林利用之前在‘墨者’受训时学来的各种战斗技巧，尤其是那据说只有超级刺客才能学会的‘枪斗术’，仿佛开了外挂一般酷炫至极地大肆屠杀‘墨者’的众多杀手们，留下了一幕幕堪称近年来香港最刺激的一幕枪战戏。最终