萨满教“灵魂不灭”的观念。萨满教认为，人死后灵魂脱离肉体，游荡于空间之中，一旦灵魂附体，人又可以复生。这种崇拜，首先表现在葬仪上。古代柯尔克孜人实行土葬，并有各种各样的殉葬品。在叶尼塞河流域古柯尔克孜族人的墓葬中发现，死者的殉葬品中有牛、马匹，还随葬有各种生活用品。对祖先的崇拜还表现在对死者的祭典上。在祭典仪式上一般都要宰杀牛羊马匹，为死者准备丰盛的食物。在《玛纳斯》的“阔阔台依的祭典”一节中，描写了哈萨克、柯尔克孜族人祭典最盛大的场面。
对祖先的崇拜往往也是对英雄的崇拜，崇拜的祖先大都是本民族的英雄。玛纳斯被柯尔克孜族人视为全民族的祖先，因而祭奠最集中的表现是对英雄玛纳斯的崇拜。不仅在《玛纳斯史诗》和民间文学中是这样，在现代生活中，直到今日，柯尔克孜族人依然将玛纳斯作为他们崇拜的对象，遇事依然祈求玛纳斯的庇护。人们在发誓时往往用“如果我违背诺言，让玛纳斯的灵魂惩罚我，让玛纳斯的坟墓惩罚我，让玛纳斯的威力惩罚我”。这是将祖先崇拜与英雄崇拜紧紧地给合在一起了。
柯尔克孜人的第二种崇拜属于自然崇拜，这是随着社会发展在意识上的一个重大转变和进步。随着祖先崇拜的出现