业生涯的一次重大转折。这个赛季，他身边多了一个叫吉诺比利的队友，马刺有了gdp组合；同时，这一年他连续第二年当选了联盟mvp；而他的老搭档罗宾逊，则步入了生涯的最后年头。在季后赛次轮，马刺再次遇到了ok组合领衔的湖人，这次，邓肯没有再让胜利旁落，他场均得到分篮板助攻，马刺以4:2击败湖人挺进西部决赛。随着马刺连续击败小牛和篮网，邓肯拿到了生涯第二座总冠军奖杯，并加冕了fmvp。
2003-04赛季，邓肯带领马刺一路顺风顺水打到了西部半决赛。他们的对手又是湖人。双方前四场战成了2:2平，然后在关键的天王山之战，费舍尔秒不可思议的绝杀球，彻底扭转了整个战局。最终，邓肯收获了失败的结局。但是，湖人总决赛惨败给活塞，球队内部矛盾爆发，ok组合解体。
2004-05赛季，马刺卷土重来。没有了湖人的挡道，马刺在西部鲜无对手。他们分别击败了掘金、超音速和太阳，进军总决赛。总决赛中马刺和活塞鏖战7场，凭借着邓肯中流砥柱般的作用以及吉诺比利神勇的发挥，马刺最终击败了活塞。邓肯第三次当选总决赛mvp。
2005-06赛季，马刺本有望再夺总冠军，然而吉诺比利关键时刻对诺维