秦泰带着大家重建莆田县的时候，俞大猷始终没有露面。不管是在秦泰新到福建的时候也好，还是选定莆田城作为根据地也好，还是在田中一郎进攻莆田前后也一样，这个名义上的福建最高军事长官，手里有大量军队的俞大猷，就是不露面。
事后秦泰和一些戚家军的老兵分析，原因有这么几点：第一，俞大猷和戚继光一样，都是江南总督胡宗宪大力提拔起来的将领，他们对于胡宗宪的提拔之恩不敢忘记。胡宗宪和秦泰的不对路，是大家心知肚明的事情，所以俞大猷不好意思和秦泰走得太接近。第二，秦泰此次带着福建本地士兵来福建，名义上是安抚福建百姓，其实有点“越权”的嫌疑。就连一般的士兵也以为秦泰在和俞大猷分福建的军权。虽然秦泰不过小小六品官员，但是秦泰身后有裕王，手里不但有兵而且有粮有银子，这样一来就比什么都没有的俞大猷强上许多。历来都是文官管武将，六品文官压制或者制衡一二品武将的事情在大明不是没有过。如今的戚继光身边不是有一个谭纶吗？所以俞大猷不得不提放秦泰。第三，秦泰带来的士兵不但都是福建本地人，而且有一些曾经还是戚继光的手下精兵。俞大猷怕戚继光“捞过界”，有了将来占领福建的可能性。第四，任何一支军队都不希望身边有