管理内阁官员，内阁官员也不能插手六部内部管理。遇上需要协调的事情的时候，内阁官员和各相关部门商量着解决。
第三，内阁官员有处理日常事务的权利，特别是一些地方上上报的事务，内阁官员有第一处置权。当然了涉及到六部衙门的事情，需要和六部主官一起解决。内阁官员有最后拍板权，解决不了或者意见不统一的，交由皇帝决定。
第四，吏部对下层官员有推荐权，但是没有决定权。内阁官员有权直接任命地方七品以下的职务，在京基层的官员任免也由内阁官员主持。地方七品以上五品以下，在京六品以下的官员，内阁有建议权和监督权。但是需要通过皇帝同意，或者召开过“廷议”，才能决定是否录用。对于地方高级官员和京城六部主要的主官，内阁官员有推荐权，必须要皇帝亲自任命。
第五，内阁官员有权利代替皇帝批阅奏折。这需要皇帝的正式受命，或是在皇帝年幼或者皇帝生病的时候才可以。为了区分皇帝的决定和内阁官员的意思，正德皇帝朱厚照采用了一套别开生面的办事方式。这种办事方式影响了大明，也影响了后来的局势。凡是由皇帝下的命令，或是司礼监代皇帝下达的圣旨，都需要用朱砂红笔批示。凡是内阁官员代表皇帝批阅的奏章，必须用