立之初，主要职能便是监控朝野，但除此之外，还有一个秘密的任务，就是查找山野之间的修道成仙之人，或者寻找神丹妙药，为皇帝延年益寿。比如朱元璋和朱棣，都命锦衣卫寻找当时的活神仙张三丰，便是一个例子。
然而锦衣卫最神秘的任务，则是寻找上古传说之中的神器，这从朱元璋驱逐鞑虏之后，便已经着手经营的事情。之所以这样做，据说是朱元璋早年还叫朱八八，沿途行乞的时候，遇到了一个神人，经神人指点，他悍然投军，最终竟然逆天改变，成了九五之尊。
在遇到神人的时候，神人曾告诉他，再强的帝国都会有没落崩溃的一天，想要江山永固，除非能够得到镇国神器的加持。
从此，这个念头便扎根于朱元璋的脑海，并且世代在明代皇帝口中流传。因而锦衣卫便多了一个寻访神器的任务。
神器下落朱元璋自然是不知道的。实际上神器长什么模样，朱元璋也不清楚，但成为了九五之尊之后，这些问题，都不是问题。神器没有找到，但许多隐藏在深山老林里的古老家族纷纷被锦衣卫翻出，要么加入了锦衣卫的秘密寻宝团队，要么在严刑拷问之后，供出了秘密被处死。
于是，许多三教九流，鬼网古族一类的能人异士，纷纷被锦衣卫