在整个火影故事中，宇智波一族因为叛乱而被灭族无疑是一个大事件。
原剧情中，由于九尾袭击木叶村，导致村子里的宇智波一族和其他村民的矛盾日益激化，最终，备受排挤的宇智波一族打算发动政变，以武力夺取木叶政权。
在这一触即发的形势之下，宇智波止水打算用自己的“别天神”写轮眼阻止这一切，可惜团藏并不相信他，直接出手夺走了他的右眼。
眼睛被夺之后，宇智波止水意识到事情不可挽回，所以将自己的左眼交给了他的好友宇智波鼬，而自己则选择投南贺河自尽了。
而在这个时期，被誉为“瞬身止水”的宇智波止水，是宇智波一族中数一数二的高手，因为他的死，宇智波一族实力大受影响，叛乱一事也就因此而停止。
不过这个停止却是短暂的，一年多以后，重新聚集了力量的宇智波一族再次准备发动叛乱，得知这一消息的团藏以佐助为要挟，让宇智波鼬临阵倒戈，将手中的刀剑对准了自己的族人。
最终，宇智波鼬找到了自称“宇智波斑”的宇智波带土，两人一起合力把宇智波一族上下杀了个精光，然后加入了晓。
在此后的十数年里，宇智波鼬不断的和自己的弟弟佐助