天下稍稍太平，刚成为天下人的丰臣秀吉就开始下令禁教，天主教势力重新从本州岛退回九州。后来大友氏被借口在朝鲜战场失格，被剥夺领地，关原大战后德川家康又杀有马晴信，立有马晴信之子有马直纯为新藩主把天主教的上层建筑也摧毁了。
尤其是为了向德川家表示效忠，有马直纯退了教不说，还对领地内的教徒高举屠刀，手段极其残忍，杀戮也极其广泛，将捉到的教徒包裹在草席子里活活烧死来警告其他信徒，史称大殉教。
可他的镇压激起了激烈的反弹，就算有马家的旧臣都不愿意再效忠他，逼得他被调换领地到日向去，换了松仓重政来当岛原藩主。
偏偏这个松仓重政还是隋炀帝那样的人物，好大喜功，到任之后大搞土木建设，对民间剥削重的可怕，尖锐的社会矛盾不但没有缓和，在他手里反倒是更加尖锐。
这个时候，毛珏发动了第二次长崎之战，把幕府与大名的主力全都吸引到了长崎城下，这给早有准备的天草时贞简直是天赐良机!密谋了一个多月，天草时贞终于在前几天掀起了赫赫有名的岛原之乱，把远道而来的松平信纲后路给掐死了。
这次来，就是要玩个大的，毛珏一直等候的战机是终于出现了，等着井上藤太郎