了现在，成了德川家康幕府的一大棘手问题。
由于深悉传教与贸易的关系，最初德川幕府对西方宗教采取了较为宽容的态度，以便维持与西方的经济贸易关系，但是幕府和天主教又是实实在在对立的所在，使得双方矛盾和冲突不断加剧。
从幕府的立场看，天主教在两个方面是和幕府统治根本对立的。
首先，天主教教义上坚持上帝是最高权威，上帝面前人人平等，这和以将军为最高主宰、严分身份等级的幕藩体制完全不同，并且完全相抵触；
其次，天主教排斥异教，否定神 佛信仰，认为上帝是天地万物之主，应该服从上帝，而不应该服从父母、主人、君主。这对自称“神 国”的日本和被尊为“天照大神 化身”的德川统治者来说，更不能容忍。
天主教的日益庞大使得德川家康坐立难安，他想到不久前佛教一向宗领导长达11年的农民起义，深恐丰臣氏遗族及反德川势力利用天主教徒的组织力量发动暴乱，于是终于下定决心采取强力措施来扑灭天主教。
就在今年2月，德川幕府正式发出禁教令，以幕府直辖领地的静冈、江户、京都、长崎为对象，三个月后又下令全国禁教。
幕府的《教渝书》称