海军方面一直在进行出征前的训练和相关部署，根据联合舰队整编方案，海军方面从现有船只中抽调出战船85艘编入联合舰队的常备舰队，包括福船、楼船、苍船、三桅炮船等原吴淞水师的全部主力战船。
余下42艘大小战船（含破旧维护）则充为警备舰队，负责近海防护、长江水道的保障及商船护送任务，并根据魏公公“军民两用”的要求，警备舰队还承担近海救援、抢险救灾等非战斗任务，并定期组织沿海渔船、商船做一些针对性的演练，包括新兵的训练、民兵的组织。
到目前为止，大明皇家海军兵员组成仍以原吴淞水营为主，官兵人等共计4260余。整编为联合舰队常备舰队的官兵共计3000人，装备了各式轻重火炮200余门，其余火器、水雷、火龙若干。
莫看官兵人数不多，但实力却是强悍，因为是实打实的满编，因而魏公公听说福建方面竟然动员舟师上万，当时就断定福建方面在吹牛，那个姓黄的巡抚是在往自己脸上贴金。目的无外乎是战兵分果果，而那个黄承玄是浙党出身，所以也可以认为这是浙党方面在夸大实力，为将来的战利品分割做筹码。
公公可不是那种眼光短浅之辈，他若贪小利，也不会拉着浙党一起出海