番，全歼了该股倭寇，斩首有一百多级。
第二次是万历三十二年，又是澎湖巡检所上报有荷兰红夷鬼占领了澎湖群岛中的马公岛。后这些红夷鬼以互市为名，企图像葡萄牙人在广东澳门那般永远占领澎湖列岛。
当时，福建八闽军心思遁，在此危殆情势下，沈有容经过严密部署，不顾自身安危，单舟驰往荷兰舰船，指陈利害，严正晓谕，不费一枪一弹便迫使荷兰红夷鬼退兵。此后，沈有容为一绝后患，力请时任巡抚金学曾上书朝廷于东番设府，归福建布政使司管辖。
可惜，金学曾却被调离，新上任的福建巡抚王兴对东番设府不感兴趣，又将金学曾在时组建的远征日本舰队解散。沈有容灰心之下便离了福建来了浙江，一呆就是十年。
原以为此生再无进取东番机会，不想，从京师来的魏公公却有此心，又得浙党支持，此事不经朝廷，大有可为。
因而，不管定海卫这边对那位魏公公如何仇视，沈有容却是坚定以浙兵配合拿下东番的。他眼光不但长远，私下更有做海贸生意，其走私货物多是运往琉球，每回都有巨利，深知海贸之大利若由朝廷统管，绝对可以富国强兵，故而，于浙江诸将而言，沈有容是真心实意支持三省联兵计划的。