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当年沈有容曾率部登陆过台湾，他向朝廷上书请求于台湾设府县治之，未果。因而这次登陆台湾，他特别关心是否将台湾纳入大明版图。魏公公提出的这个皇军都指挥使司是临时设立的军事机构，还是负责军民事务的永备机构。
侯安之也关心占领台湾的日后问题，但和沈有容关心的不在一个点，沈是关心大明从今往后能否永久治理台湾，而不是如从前一样放任自流。侯安之关心的是台湾是否由福建管理。
这个问题对福建方面很重要，福建巡抚黄承玄可是有意将台湾作为闽地贫民移居开垦的宝地的。
黄承玄拟计划向福建迁移数十万闽地沿海百姓，这样一方面能够减轻福建地少人多压力，另一方面则能为闽地百姓获得一块可以生息繁衍的土地。来往台湾的海商和汉民已经确认台湾可以大规模种植水稻，并且还有大量甘蔗，经营得当，台湾的稻米和糖加大大增加福建藩库收入。
所以，如果台湾划归皇军都指挥使司就和福建没什么关系了，那福建方面为此次三省联兵动员军民上万，征调大量钱粮岂不就是打了水漂。
对此，魏公公首先明确告诉施德政和沈有容，台湾以后将永久驻军，永远归大明治理。