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除台北卫外，又有台中、台南二卫，合称台湾三卫，统由皇帝亲军都指挥使司管辖。三卫之下设有基隆、桃园、新竹、宜兰、云林、嘉义、台东等大小十三处千户所。
原计划，台湾统一由台湾警备师团负责，但现在一方面台湾警备师团兵力补充未整，难以独自占领台湾并负责占领区的治安维持；另一方面，福建和浙江方面对台湾也是虎视眈眈，根本不可能让魏公公一人把台湾给吃了。
故而，本着“搁置争议，共同开发”的原则，魏公公爽快拍板，台北卫由台湾警备师团和联合舰队共同掌管；台中卫则交由福建方面派员接管；台南卫由台湾警备师团掌管。
这个方案浙江和福建是满意的，浙江本来就是想要台湾北部做为贸易据点，只要能从海贸获取大利便心满意足，对于往台湾移民倒是没有多少兴趣。
福建这边是三家实力最弱的，现在既能在联合舰队占据一席之位，也能得到台中相当于数县之地盘，于福建巡抚黄承玄而言已是极划算之事，因此不曾反对。
联合舰队副司令长官、福建水师提督侯安之已密令中左所的福建水师、以及澎湖巡检所在台中卫的云林千户所开辟登陆地点，笼拢当地汉民土著，以便福建方面下