制的，沿海各水师（营）沿用的都是卫所制，如广东水师就是归广东总兵所辖，下设参将、游击、守备、把总。浙江水师则是由浙直总兵提调，下设参将、游击，另外还有一个总捕都司负责打击走私，不过这个总捕都司名存实亡。
福建方面的水师是由副总兵提调，下设参将。福建也设备倭都司，不过这个都司没有战船，有战事须报福建副总兵，再由副建副总兵部署。包括澎湖巡检司也是如此。
简而言之，当下不管是南方的水师，还是北方的水师，名义上都无法独立作战，均由当地总兵、参将提调。
唯一有独立性质，和海事有关联的则是广东和福建的市舶司。
沿海各地的市舶司原先不止广东和福建这两处，而是有多处。永乐年间甚至还在安南和马来等地设有市舶司，都是由内臣提调。不过此后两百年，市舶司不断被废，广东和福建这两处市舶司也是经历几废几立。
市舶司本质上其实就是海关，职责就是管理海上对外贸易。有意思 的是，广东和福建的市舶司是十三年前由地方巡抚奏请复立的，而市舶司上交内库的税收却是很少。
这个现象就很有意思 了，和吴淞水营的官兵宁可过穷日子，也不敢参与走私一样，让