干的第一件事就是替二叔及以二叔为核心的阉党平反。
通过编著《蝗蝻录》、《留都防乱公揭》，阮大铖对东林、复社诸人大行打击。结果没想到，东林党不跟他文斗，直接和左良玉勾结，要通过武装政变发动“清君侧”。
好在左良玉走到半道病死了，不过阮大铖的官也当到头了。同年，扬州城破，南都文武在守备勋戚的带领下向满州投降。
阮大铖没有降清，而是和马士英一同逃离南都，继续抗清。后清军进渡钱塘江，得知马士英因为抗清在太湖地区被满州人抓获，剥皮实草制成“人杆”示众后，阮大铖痛不欲生，遂在清军进攻时投崖殉国，后尸体被清军找到，当众戮尸。时天气炎热，大铖尸体溃烂，生满蛆虫，却无人敢收敛，不知埋在何处。
纵观其一生，虽和马士英一样被世人视为小人，明明是殉国而死，偏成了汉奸，这无疑是个悲剧。
较马士英之死更荒唐的是，明明是殉国而死的阮大铖竟然还被东林党人编起了故事，说什么老当益壮，主动请求随清军南下，又说福建全省一听他的名字就能投降，更和清军比拼体力，爬山时主动在前面，结果爬着爬着突然僵死什么。
活灵活现，如在现场亲眼目睹，连当时的表