即位之时，年幼不能理事，由叔父武冈王朱显槐代理府事。
朱显槐“习知其所名子状”，对华奎满腹怨气，所以不断盗取王府财物。楚府中人担心朱华奎的身世问题外传，惹不必要的争纷，因而始终抱着息事宁人的态度，任由朱显槐盗取财物。
后在湖广巡抚赵显的干预下，改由其族兄弟东安王朱显梡任宗理。从此怀疑朱华奎合法性的宗人渐渐不复奉约束，楚府上下如同一盘散沙。
朱华奎亲政后，对犯罪诸宗采取了严厉的惩戒，但手段缺乏通融，致使群宗不满。
到了万历三十一年二月，素来强悍的楚府宗人辅国中尉朱华赿因事得罪了楚王而遭训斥，心中不满，联合了同宗的29人，遣人上告，谓朱华奎为假王，并言朱华奎与朱华壁皆非楚恭王子。
华奎系恭王妃兄王如言的侍妾尤金梅之子，华壁乃妃族人王如綍家人王玉之子，都是出生数月而后抱养于楚王府的。又言华赿妻即王如言女，可为人证，故华赿知之甚详。
此说为许多楚宗室如东安王朱英燧、武冈王朱华增、江夏王朱华蠧等认可，并由此引发了一次旷日持久、波及范围甚广的楚王与楚宗之争。
明朝对混乱宗室血统一事处罚极严。