南科大和深海大学一前一后成立，两所大学的校园又仅有一条马路之隔，所以难免被放在一起比较。
深大的背后是深海特区政府在大力支持，划拨给校方的5000万人民币建设资金，都是从市财政预算中努力挤出来的，国家和省里没有给过一分钱。
而南科大背后站着的是世界首富“财神 李”，南科大的第一笔捐款正是来自于东方集团。东方集团向南科大捐赠了5000万美元，其中第一笔3000万美元的资金，在去年学校筹备委员会刚刚成立时，就已经一次性拨付到位。剩余的2000万美元，从今年开始分四年拨付。
而李轩名下的公益基金——东海基金，随后也承诺将从1985学年开始，每年向南科大捐赠2500万美元用于维持日常运转，持续时间为10年，总计将向南科大捐赠2.5亿美元。
单单是李轩一个人就已经认捐了3亿美元，而南科大的5名执行董事中的另一名非官方成员，被誉为“红色资本家”的霍老，也一口气捐赠了1000万美元。
此外10名非执行董事中，有6人还要请了多位香港名流加入。其中包括澳门赌王何宏燊先生，他认捐4000万港币，将为南科大新建一座图书馆。许士勋先