1954年，米国在一次核武器实验中，意外唤醒了一只具有超强破坏力的巨兽——哥斯拉！
面对如此庞然大物，常规武器根本没有效果，为了将其消灭，米国动用了核弹。
然而最后仅能使哥斯拉沉睡于太平洋深处。
此后各国便联合展开所谓了“帝王计划”，以研究彻底消灭怪兽之方法。
1973年，苏墨青召唤出哥斯拉后，更是坚定了某些人执行“帝王计划”的决心。
不过史前巨兽数量稀少，要找到活物研究，并不是一件容易的事情。
直到1999年，菲律宾某矿区发生地震，参与“帝王计划”的学者芹泽市朗前往调查。
在陷坑中发现了虫形怪兽“穆托”的石化卵囊，然后军方秘密将其带回研究。
转眼数年，一群科学家围绕着穆托的蛹进行研究。
原本蛹内的穆托，一直以来都没有生命迹象，但不知为何，最近穆托却产生了生命拨波动，并且频率越来越频繁。
主管芹泽担心出现穆托复活，于是启动电网，意图杀死穆托，然而他失败了！
原来穆托一直在吸收废弃核电站的放射性能量，待到蓄积到足够的能量后，便发