拱一走，高仪也惊得呕血三日而亡，三位内阁顾命大臣中只剩下张居正一人。
同时，在经济和政治方面的问题也堆积如山。面对着这些重重的困难，万历帝没有畏缩不前，为了“皇图永固”，他以“少年天子”的气派，牢牢抓住“用人唯我”、生杀予夺在朝廷这根权柄，励精图治，推行新政，神 宗在位前十年中很有所作为。
张居正为内阁辅以后，神 宗将内廷的事务托给冯保，“而大柄悉以委居正”。对张居正不仅委以重任，而且尊礼有加，言必称“元辅张先生”，或“张先生”，从不直呼其名。
隆庆六年，六月十九日，张居正刚刚走马上任几天，神 宗就在平台，单独召见他，共商大计。由于明穆宗在位从没有召见过大臣，所以这事在当时曾引起轰动，使廷臣看到神 宗承业治国的精神 和决心，又大大提高了张居正的威信。
明神 宗从思 想上到行动上，全力支持张居正，合力进行改革，推行新政。政治改革的主要措施，是万历元年，推行的章奏“考成法”。它是针对官僚作风和文牍主义而提出的，意在“尊主权，课吏职，信赏罚，一号令”，提高朝廷机构办事效率。按照考成法的要求，事必专任，立限完成；层层监督，各负其责。明神