锦衣卫的名字即使是在三百多年以后, 也是大大有名的, 更是武侠小说和古装影视剧中的常客。
既然穿越到这个时代，商毅自然也对锦衣卫做了一番全面详细的研究:锦衣卫的全名为“锦衣卫亲军都指挥使司”, 和后来的东厂、西厂一样，都是明朝的特务机构，合称为“厂卫”。
锦衣卫分有南北两个镇抚司：南镇抚司主管一般卫、所部队人员的犯罪侦查、审讯、判决、情报以及军事武器之研发事项，等同后世之宪兵队、军事法院、军事检查署以及军备局的结合体。而北镇抚司主管各地藩王及官员秘密监视、肃反肃贪，独立侦讯、逮捕、判决、关押拘禁（诏狱）以及反间谍事项。类似于后世美国国家安全局、联邦调查局、香港廉政公署的综合体。
一般来说，北镇抚司的权力要大于南镇抚司，因为北镇抚司有专理诏狱的权力，可以不经三法司授权，直接听命于皇帝取旨行事，并在狱成之后，甚致可以不通过锦衣卫指挥使，直接专达皇帝。而且就是在锦衣卫中，官不掌诏狱者，亦不得干预其事。同时北镇抚司也参与收集军情、策反敌将的工作，如在朝鲜万历之战中，就收集了大量的日军军情，保证了明军的胜利。
后世对锦衣卫的评价也是