褒贬不一，毁誉参半。因为锦衣卫拥有相当的特权，无形中也令他们有资本可以胡作非为、而又得到了皇权的庇护，不会被追究责任，造成了社会的动荡和朝廷的混乱，以及当时人们对锦衣卫的恐惧。在后世甚致有人说明朝不是亡于流寇，而实是亡于厂卫。因此总体来说，锦衣卫还是毁多于誉，由其是在魏忠贤独掌大权的时代，流传着许多关于锦衣卫的恐怖传说，虽然其中有相当一部份是东厂、西厂做的，但在一般人看来，厂卫实际是一体的。
而正因为如此，到了崇祯时期，魏忠贤倒台之后，在朝廷中要求取消锦衣卫的呼声也越来越大，崇桢虽然并沒有取消锦衣卫，但也戒于魏忠贤的教训，还是极大限制了锦衣卫的行为权力，所以终崇桢一朝，锦衣卫也没有闹出什么事来。不过因此也有人认为，正因为崇祯时期，锦衣卫权限大为削弱，才使官员缺少了监督，导致官场腐败变本加厉，也间接引起大明朝的灭亡。在后世，关于锦衣卫的功过得失，也引发过不少口水大战。
商毅不想对锦衣卫进行多评价，但对他们还是敬而远之为好，由其是在自己还没有成势之前，更不想和锦衣卫扯上什么关系，只是事情并不按他的想法发展，倒底还是遇上了锦衣卫。
不过抱着即来之则安