个问题上，东林党本身做的事情也不地道，甚致可以说是把拥立大功拱手让给了马士英。
而且马士英并非是一无事处的人，在许多方面的能力还强不少东林党人，在南明成立的早期，也未必没有一些振作的想法，如果东林党能够接现实，承认马士英的执政权力，双方精诚合作，到也不是不可能把南明的局面维持下去，只可惜东林党并不甘心接受失败的局面，一心只想斗倒马士英，根本就不顾大局。而且过去了十几年，东林党的斗争手段仍然一点长进都沒有，一如当年与魏忠贤相斗时那样拙劣，还是只会上书，也不想想，在东林党和马士英之间，皇帝会支持那一方。
虽然有吴甡在其中尽力周旋，希望能够保持朝廷的和平局面，可惜他一个人的力量实在有限，而东林党内部其实也是一片散沙，吴甡根本就控制不住，结果终于成了现在的局面。