当然南京朝廷在混乱之中，到也不是没干一点正事，首先是要崇祯帝确定庙号和谥号，不过正事也是在争论不休中完成的。
首先给崇祯定庙号是思宗烈皇帝，但南京守备勋臣赵之龙认为这个庙号不是太好，上奏要求改动。朱由崧先是不许。而礼部侍郎余煜对据理力争，说了一大通之乎者也之类的话，也不知道朱由崧听沒听懂，反正争论了一番之后，终于改谥毅宗正皇帝。
而在最关键的对外政策方面，无论是东林党还是马士英，却都保持着高度的一致性，奉行借虏灭寇的政策，即借清军的力量，剿灭大顺军。
当然，南明朝廷在这时提出借虏灭寇政策，到并不完全是出于对形势的误判，当时信息不通也有一部原因。吴三桂献出山海关、投降清军的事情，只是一面之辞，现在还沒有得到南明朝廷的确认，至少从表面上看，也可以理解为吴三桂借来清军，大败李自成，是为崇祯报仇的举动，甚至可以说是一心为明朝社稷的不贰功臣，也不为过。而且清军当入关时，也打得是为明朝报仇的旗帜。而灭亡明朝，攻入北京，逼死崇祯皇帝的是大顺军，因此南明朝廷上下都认为，自己的首要敌人是大顺军而不是清军，为先帝报仇雪耻才是最重要的，
同时，