这时史可法回京，也给朝廷上下打了一针强心剂，毕竟这时江淮战役中，史可法也一直坚守在扬州，在胜利之后也获得不少威信，因此大部份官员也都盼着史可法能够拔乱反正，恢复南京的秩序。而朱由崧也立刻加封史可法为兵部尚书并出任内阁首辅，马上整顿南京的秩序。
到底是经过了生死的战场，史可法总算是也学到了一些决断之力，首先立刻代商毅上奏给朝廷，并向整个南方宣布商毅对南京朝廷的支持态度。然后严令南京城中的百姓严守秩序，又把商毅给他的一个卫队营分成四部，在南京城中抓捕暴徒，敢拒捕者一率当场格杀，然后又强命令赵之龙, 命他立刻分派人马，维持南京秩序，否则就撤职另选他人。
赵之龙这回也不敢不从了，只好调动人马，在南京城中巡逻搜查。而商家军也狠狠打击了几伙暴乱势力，结果只用了二三天时间，立刻使南京的秩序大为改观。
随后史可法又只身亲往驻守芜湖的黄得功大营，对其晓以大义，安抚黄得功部的军心，并声明朝廷只诛马士英一人，绝不牵连其人，让黄得功放心。
黄得功对史可法到是还有几分敬意，而且现在也知道商毅的上疏內容, 看来商毅是支持南京朝廷的，又得到了史可法的保证，不会