受马士英的牵连，因此也马上向史可法表示，自己绝无反心，原意继续为南明朝廷尽忠，并马上上表南京，说明自己对诛杀马士英的支持，表达自己的忠心。
随后史可法又赶到刘良佐的大营，见黄得功已经被史可法劝服了，刘良佐自己也不再硬抗下去，其实他们两人这一番闹滕并不是想为马士英翻案，而是为自己争取最大的利益, 既然 这个目地达到了, 刘良佐自然也就见好就收, 也学黄得功一样上疏表忠心。
安抚住了黄得功和刘良佐，史可法这才又回到南京。最大的外部危胁也解除了，南京城里的秩序也在逐渐的恢复，官员们这才都松了一口气，总算是熬出头来了。下一步也就是恢复朝廷的秩序和运作，首先是确定内阁人选，首辅已由史可法出任，原来的两名阁臣吴甡以次辅兼任户部尚书，钱谦益兼任礼部尚书。
而被马士英罢职的一批东林党人，也都陆续纷纷被招回朝中，又选了高弘图和黄崇羲入阁理事。姜日广出任吏部尚书，候恂出任刑部尚书，王铎为工部尚书，黄道周、张慎言分别任都察院左右都御史，复社四公子这一次也都入朝为官，候方域任礼部待郎，方以智任少詹兼侍读，陈贞慧和冒避疆出任御史，就连林之湖也弄了个户部员外郎，比以前的主