十二月二十六日，屯齐率领着清军的前锋人马攻破了南京的外围城墙，在南京城外东南的大校场驻扎，就在同一天，正红旗满洲固山额真韩岱也率军驻扎在南京西南的南湖边。而商家军的外线人马也己经进入了预先约定好的位置，正在寻找战机。
二十七日，阿济格亲率大军，来到南京城里，驻军在城南的聚宝山边，这时淸军己在南京城外，聚集了十二万左右人马，基本都驻扎在南方，因为南京城太大了，十多万人马根本就不能围住，也就只能堵住南京一面。而就在当天，淸军向南京城发动了第一次试探性的进攻，主攻的方向是聚宝门。
虽然商毅已经做好了和清军打巷战的准备，但这并不表示就会放弃防守南京的城墙，因为南京城拥有十分完善的城防设施，还有外秦淮河作护城河，清军想要直接攻打南京城，必须要先强渡外秦淮河才行，有这么好的条件，如果不加以利用，先给淸军造成沉重的打击，那可就未免太浪费了，退守南京城內，是在实在守不住城墙的情况下的选择。
而且这时商家军也已在外秦淮河边布置下了防守阵地，以秦淮河为屏障，抵挡清军的进攻。秦淮河虽然不算大河，但在商家军严密火力的防守下，想要突破也不是那么容易，而且商家军的