水军还封锁了秦淮河的长江入口，使清军的水师无法通过长江来支援进攻，只能靠在秦淮河边临时征集的一百多条小船强渡秦淮河，其中有不少船只能装下十余名士兵，还有十几艘甚致还是花舫。
虽然商家军这次带来的重炮不多，但打这样的小船还是绰绰有余，因此炮声隆隆，打得秦淮河面上水柱四起，波浪翻滚，清军的船只被一艘一艘的击沉，清兵们一个个的落水身亡，跟本就无法攻到对岸去。在商家军的打击下，阿济格很快就明白，强攻是没有用的，因此很快就退兵罢战。
而这一次南京城中的百姓、官员们总算是亲身体验了一次兵临城下的紧张气氛，虽然还没有清军攻进南京城里，但在城外巨大的爆炸声，依然可以听得十分清楚。不过并没有多久的时间，爆炸声就平静了下来，而南京城中也意识到商家军又一次打退了清军的进攻，因此也是一阵的欢腾。商家军的声望，也再一次被推向高峰。
不过在随后的三天时间里，清军都按兵不动，并没再向南京城发动进攻。仅仅只是在江面上向商家军的海军发动了一次试探性的进攻，但在海军的重炮打击下，被击沉了十余船之后，也立刻就撤退了。而南京城中也恢复了不少生气，因为百姓们对商家军的信心都大大增强了。