清军所抓，关押在南京。黄宗羲也不禁万念俱灰，当时就街上大哭了起来，也惹得路人都住足观看。
后来还是商毅闻迅之后，才派人把黄宗羲接进了馆驿安顿下来。因为战事紧张，商毅也没空多理黄宗羲，不过黄宗羲只在馆驿住了一天，就要离开，而王夫之上一次和黄宗羲结交之后，到是十分敬佩黄宗羲的学术文章，因此也力劝黄宗羲暂时住在杭州，静观南方的事态变化再做决定。
而黄宗羲也确实是无处可去，因此也就应王夫之所求，继续留在杭州，每天就是在杭州城內游走，然后看报读书，了解时事。而王夫之又帮他弄到一个杭州图书馆的借书证，每天都可以从图书馆里去借书来看。
黄宗羲在政治上虽然顽固而保守，但在学术上确实在非凡的造诣，虽然不能说是读书万卷，但说有几千书却一点也不夸张。传统的经书当然是都翻遍了，不过在杭州图书馆里却有大量翻译的欧州书籍，因此也让黄宗羲十分感兴趣，因此毎天有大部份时间都是在图书馆里渡过的。而王夫之在处理完每天的公务之后，也会和他一起讨论学术问题。
当然两人在一起的时候，自然也避免不了谈论政治时事，两人的政治观点相异很大，不过到是都能克制自己，因为黄宗羲清楚，