投降。
而率领清兵向商家军发动最后攻击的屯齐，在战到最后，本打算自杀殉国，但被商家军的士兵一拥而上，打掉了用来自杀了佩刀，结果被商家军生擒活捉，成了俘虏。
商毅是在十六日清晨进入南京，这时皇城里的战斗己经基本结束了，士兵们正在清理皇城里的战场，扑灭燃烧的火焰，并且收容降兵和俘虏等等工作。不过在皇城外面，零星局部的战斗还在进行着，因为南京城实在是太大了，而且这时人口稀少，让清军有足够的空间躲藏，同时还有一部份清兵逃出了南京，在城外流窜，也给商家军的清尾工作带来了一些困难。等到全面肃清南京城里的清兵，己经是三天以后的事情了。
但这一切都不足以改变大局，整个南京地区这时也都已经被商家军全面收复。而这时距离商毅从南京撤离的时间，己经过去了十个月。
这次进攻南京的战斗一共进行了五天，商家军一共战死了二万四千一百七十三人，伤一万三千六百二十二人，而歼灭清兵四万一千三百八十八人，俘虏竟多达四万八千四百一十七人，这还不算被清军临时征调来的民兵。
这些民兵还剩余三万多人，经过鉴别之后，全部都释放了。其实鉴别起来也非常容易，只要是说得一