苏建林想赶到北门去找多铎，但还没等他出了玄武门，驻守北安门的清兵就己退到了皇城里面，苏建林也无法赶到北安门去寻找多铎，而是立刻与败退回来的清军展开了战斗。
而这时在东安门，清军也向商家军发动了一次反击，为了掩护多铎逃走，虽然明知不敌，但屯齐还是带领人马，向攻进东安门的商家军发动了进攻。
但这也是在南京皇城里发生的最后战斗。
但这时谁都看得出来，清军的大势已去，只不过是垂死挣扎而已，清兵的斗志也十分消沉，两边的抵抗都没有支持太久，就立刻土崩瓦解，四路的商家军都己杀入了皇城，正在皇城里全面展开对清军的搜查和清剿，到外到是“放下武器，投降免死” 的喊叫声，而清军在皇城里四处流窜，尽力躲避商家军的追击。除了一小部份人还继续负隅顽抗之外，大部份的清兵都选择了投降，也包括相当一部份满旗清兵。
毕竟除了少数的皇族宗室以外，大多数的满旗淸兵其实也是普通人，一开始守卫南京时，还有殉城、战死、为国尽忠的决心，但在经历了几天的激战之后，就是意志最坚定的满旗清兵也身心俱疲，面对着商家军黑洞洞的枪口和雪亮的刺刀，也都没有抵抗之心，纷纷扔下武器，举手