拉一共发生了四次比较大规模的华人大屠杀。
第一次发生在一六零三年，事情的起因是一个很偶然的事件，引发了这次马尼拉华人大屠杀
原来在一六零三年的时候，一个叫张嶷的商人，不知是出于什么目地，上书当时明朝的万历皇帝，称：吕宋有一机易山，其上金豆自生。万历皇帝信以为真，下令福建官员前去勘查。西班牙人本就对中国颇为忌惮，何况当然在菲律宾的华侨己达数万之众，势力极尢，因此疑心中国以此为借口，是与菲律宾的华人联络，以便里应外合将西班牙人赶走，因此排华情绪渐浓。
在一六零三年十月三日，不愿坐以待毙的华侨爆发大起义，但由于缺少武器和军事经验，他们仅坚持了四十一天，因北起义很快演变成一场对华侨的大屠杀。在西班牙人的煽动和蒙骗下，包括菲律宾土著、日侨在内的各方力量，都参与到这次屠杀中。据统计，在这次大屠杀中被杀的华侨人数在三到四万之间。
在这一次大屠杀之后，也使中国商人对菲律宾心存恐惧，不在到菲律宾经商，对菲律宾本土经济产生极大的影响，物资匮乏、经济萧条。财政状况严重恶化。同时在菲律宾的西班牙人也但心明朝会报复，因此派遣使臣到中国来周旋澄清。