尽管后来万历皇帝查明了马尼拉大屠杀的真像，但由于当时的明朝国力疲惫，无力举兵征讨菲律宾，同时中国对海外的事务也并不太上心，因此只是不痛不痒的对菲律宾当局写了一份《谕吕宋檄》，也就不了了之。而随着时间的推移，又陆续有商船来往马尼拉通商，马尼拉也逐渐恢复了元气。
从表面上看，引发一六零三年的马尼拉华人大屠杀的原因很偶然，其实西班牙殖民者与当地华侨的积怨是长期积累起来的结果。
因为菲律宾原来本是明朝的藩属，后来被西班牙人强占，因此西班牙人一直都对中国心怀警惕，而菲律宾的华侨人数极多，而且也形成了一股庞大的势力，自然也会引起西班牙殖民者的敌视情绪。另外中国人靠自己的勤劳和智慧，在菲律宾也创造了巨大的财富，这又会引起了殖民者的贪婪，以殖民者凶残的本性，排华、屠华也就会必然发生的。
而明朝的纵容和不做为，也使得西班牙人对菲律宾华侨的欺压更加有恃无恐，于是在后来的一六三九年；一六六二年，一六八六年，又先后发生了三次华人大屠杀事仵，尽管后三次的屠杀规模比第一次小一些，但两次死难的华教人数也都达到了两万人以上。另外在这几次大屠杀事件中，马尼拉的天主教传教士