三天之后，淸廷下旨，以郑芝龙弃守水军水寨、损兵拆将之罪，解除郑芝龙的所有官职，降为平民，并限足北京城內，无令不得外出。
郑芝龙一家接旨之后，也有庆幸了一番，不管怎么说，这一次算是把命给保住了。
其实多尔衮也十分清楚，郑芝龙所说的话，虽然有一大半都是事实，但也有一小半是为自己狡辩的言语。早在大沽口失利的消息传回北京之后，许多满汉大臣都主张俨惩郑芝龙，而所谓的俨惩，其实也就里处斩。这一方面是因为一次败仗，确实要找一个人出来承担责任，郑芝龙当然就是最好的替罪羊。另一方面清廷的官员也都清楚，郑芝龙本是降将，在清廷也并没有什么背影，拿他开刀也不用怕找错了目标。
有的御使甚致上言称：“郑芝龙怙恶不悛，包藏异志，与其子成功潜通，教唆图谋不轨，奸细往来，泄漏军机等项事情，如此负恩叛国重犯，不宜尚加监候。”
但多尔衮经过再三后考虑之后，终于还是决定，暂实还是留下郑芝龙这一条命，一来是多尔衮对招降郑成功还存在一丝幻想，因为现在在南明的三个朝廷中，广东永安朝廷的尚可喜算是清廷的自己人，但在南方孤掌难鸣，不敢轻举妄动。如果能够招降了郑成功，他可以