早的成立豫南战役总指挥部，是因为这一次战役，商毅并不打算亲自在第一线指挥，而是坐镇南京，进行摇控指挥，一来是商毅对成进、李定国的指挥能力非常放心，另一方面现在的形势十分复杂，南京政府有可能面临二面、甚致是三面受敌的局面，商毅必须全盘掌控，不可能把全部的精力都放在一个战场上。因此回到南京，指挥全局作战，才是商毅应该做的事情。
而在这一次战斗，中华军参战的兵力为淮南军区的四个军、南京军区两个军、湖广军区也将出动两个军参战，总计是八个军，兵力约在二十二万左右。
兵力分布为淮南军区十五军驻守徐州、砀山一线、牵制勒克德浑部，第一、十一、十八军将驻扎在信阳到光州一线，付责正面迎战清军，而南京军区的两个军驻守汝宁府东部的颍州、颍上一线，湖广军区的两个军驻守汝宁府西部的柏桐、泌阳一线，各自待机而动。而山东军区将在黄河以北的地区付责牵止清军。
不过现在湖广军区还没有到达战场，俱体是派那两个军参战，还要等李定国等人做决定。另外湖广军区分别与清廷、四川、广西永历朝廷接壤，需要防守的区域最大，现在又攻占了南阳府，而且南方还有可能遭到南明的攻击，因此这时四个军的编制就显