在准备对南方进行战争的同时，首先还是要解决台湾问题，毕竟台湾的事情也不能老拖着，另外台湾和褔建，广东隔海相望，一但对南方作战，可以从台湾出击，通过海路直接进攻福建，广东。
因此商毅的计划是首先解决台湾的荷兰人，然后水陆两路，一起出击，以重拳打击福建、广东、广西等地的南明朝廷。而且虽然这时己经进入了十二月，是隆冬季节，但台湾、福建、两广都属于热带地区，并不是十分寒冷，正是对南方用兵的大好季节。
这时南京军区的部队和海军部的各支分舰队也都己经回来，南京军区的第七军也己经赶赴湖南境内作战，统战部又下令，派遣南京军区第十七军的辖二十五师、三十三旅赴台湾作战，而护送十七军的，是海军部的第四分舰队。
第四分舰队的司令官正是台湾省长沈寿崇的另一个弟弟，沈寿岳。其实这时台湾有第三分舰队驻守，不过商毅也但心荷兰的巴达维亚当局会派遣舰队来支援台湾，因此再给台湾曾加一个舰队的海军兵力。
第十七军在十二月十二日从南京出发，到达杭州上船，行向台湾。在十二日十八日，舰队到达台湾。
荷兰人修筑的赤嵌城和热兰遮城都是临海而建，大体位于另一时