间，多次发生事故，让朝廷和衙门终于明白了光用囚犯是不可能彻底解决河工问题的。朱元璋只好下达了新的命令，河道衙门继续监督囚犯干活，同时雇佣有经验的河工指导大家工作。
经过这些年来的经营，河道衙门已经成为一个独立的衙门，不但经常谎报灾情，而且经常克扣河工们的工钱。张居正从冯保这个大特务那里得知一些线索，据说这个河道衙门已经成为了一个油水最多的衙门之一，里面的问题相当严重。每年朝廷下拨不下于三十万两银子的维护费，但是依然年年有灾情，大大小小的问题不间断。冯保私下告诉张居正这个内阁首辅，河道衙门已经拖欠河工们不下三百万银子的工钱。那些河工们多次到河道衙门或者地方衙门催要工钱，可是都没与太大的效果。这些河工们为了生计和未来有活干，不敢彻底得罪河道衙门的人，河道衙门的官员也知道这一点所以敢这么胡作非为。因为大量工钱拖欠导致河工们心中不服，干活的时候当然不卖力了。工程不能及时完工，或者质量不好马上出现问题，又成为了河道衙门责怪河工们的理由。这样恶性循环下去，河道衙门的工程怎么可能会好？河道衙门不给力，工程不合格，治理河道就成为了一个摆设，苦了老百姓啊。
治理吏治需要得罪大量的